Thoth, association loi 1901, est dirigée par un conseil d'administration composé de 11 membres, quatre présidents honoraires apportent leur contribution.
Ce conseil élit un Président et un (ou des) Vice-Président, le Président constitue un bureau.
Des commissions sont en charge de missions particulières. Thoth fait partie depuis 2001 d'une fédération de Sociétés Savantes : l'U.S.A. (Union Scientifique d'Aquitaine).